วัดท้ายยอ เป็นวัดที่ก่อสร้างด้วยสถาปัตยกรรมล้ำค่า ควรค่าแก่การอนุรักษ์และหวงแหน โดยเฉพาะอย่างยิ่ง " กุฏิแบบเรือนไทยปั้นหยา " อายุกว่า ๒๐๐ ปี หลังคา ใช้กระเบื้องดินเผาเกาะยอและกระเบื้องลอนแบบเก่า มีจุดเด่นที่เป็นเอกลักษณ์ คือ เสาเรือนกุฏิจะไม่ฝังลงในดินแต่จะตั้งอยู่บนตีนเสา ซึ่งเป็นที่รองรับเสาอันเป็นลักษณะเฉพาะของบ้านชาวไทยในภาคใต้เท่านั้น นอกจากนั้นวัดท้ายยอ ยังมีโบราณสถานและโบราณวัตถุควรค่าแก่การศึกษาและเรียนรู้ อาทิ บ่อน้ำโบราณ สระน้ำโบราณ โรงเรือพระ สถูป หอระฆังที่สวยงาม และมีร่องรอยของท่าเรือโบราณ ซึ่งเคยเป็น ศูนย์กลางการคมนาคม ของชาวเกาะยอ ด้านหลังของวัดท้ายยอเป็นที่ตั้งของ เขาเพหารหรือเขาวิหาร ซึ่งประดิษฐานเจดีย์ทรงลังกาที่งดงาม ควรค่า แก่การช่วยกันอนุรักษ์ไว้สืบไป
เป็นเรือนไทย ปักษ์ใต้ที่ถึงพร้อม " มงคลสูตร " และ " มาตราสูตร " ด้านหน้าหันออกสู่ทะเลสาบสงขลา มีลานกว้าง ส่วนด้านหลังเป็นเขาเรียกว่า เขาเพหาร อันหมายถึง " วิหาร " นั่นเอง ลักษณะเด่นของกุฏิเป็นเรือนหมู่ ๓ หลัง เรียกตามลักษณะมงคลสูตรว่า " แบบพ่อแม่พาลูก " หากเป็นแบบ ๒ หลัง เรียกว่า ดาวเคียงเดือน ประวัติสร้างวัดไม่ปรากฏหลักฐานชัดเจน สมาคมสถาปนิกสยามสันนิฐานว่า น่าจะสร้างในช่วงรัชกาลที่ ๓ แห่งกรุงรัตนโกสินทร์ เนื่องจากการใช้วัสดุกระเบื้องเกาะยอเริ่มทำขึ้นโดยชาวจีนและนิยมแพร่หลายในสมัยนั้น หรือจะสร้างในช่วงรัชกาลที่ ๔ ที่เปลี่ยนมาเป็นวัดธรรมยุตินิกาย ร่วมสมัยกับเจดีย์บนเขาพิหารเป็นเจดีย์ทรงลังกา ศิลปะร่วมสมัยรัชกาลที่ ๔ การสร้างกุฏิตามหลัก " เรือนสูตร " หรือ " สูตรเรือน " ที่ถูกต้องตามหลักการ มงคลสูตร และ มาตราสูตร นิยมสร้างกันแบบเฉพาะอาคารบ้านเรือนหรือที่อยู่อาศัยของผู้มีฐานะ มีอำนาจเช่น กำนัน และกุฏิเจ้าอาวาส เท่านั้น แต่เดิมในชนบท ผู้นำท้องถิ่นด้านการปกครองดูแลลูกบ้านที่สำคัญ ด้านฆารวาสก็คือ กำนัน ส่วนด้านบรรพชิตก็คือเจ้าอาวาสในละแวกนั้น การสร้างกุฏิจึงสร้างให้เฉพาะคนกลุ่มนี้คนธรรมดาสามัญไม่นิยมสร้างบ้านแบบนี้ คำว่า " เรือนสูตร " หรือ " สูตรเรือน " และ " มงคลสูตร " ผู้รู้ได้อธิบายไว้ว่าคนโบราณเชื่อว่าในการสร้างอาคารบ้านเรือน มี ๒ สาย คือ สายสัมมาทิฐิ เช่น การสร้างบ้านที่อยู่อาศัย สร้างศาลา สร้างกุฏิ เป็นต้น จะออกจั่วก่อน หมายถึงจะเริ่มด้วยการสร้างจั่วก่อน ส่วนอื่น จึงน่าจะสอดรับกับภาษิตที่ว่า " รักดีแบบจั่ว " สายมิจฉาทิฐิ เช่น การสร้างโรงเรือน เตาเผาสุรา โรงบ่อนการพนัน จะออกเสาก่อน คือ การเริ่มต้นด้วยการขุดหลุมลงเสาก่อน ซึ่งสอดรับภาษิตที่ว่า " รักชั่วหามเสา " ด้วยเชื่อว่าจะมีความหนักแน่นในกิจการ นอกจากนั้นในทางมงคลสูตร ยังเกี่ยวข้องกับการกำหนด วัน เดือน ปี และเวลาในการหาฤกษ์ยามที่เป็นมงคลและความเป็นสิริมงคลอื่นๆ เช่น รวย มิ่ง เจริญ มาเป็นส่วนร่วมในการยกเสา การสวดมนตร์ เซ่นไหว้พระภูมิเจ้าที่ การหันหน้าบ้านไปยังทิศมงคล การสร้างบ้านให้อยู่ในลักขณา " ลอยหวัน " ไม่สร้างเป็น " ขวางหวัน " รัศมีขององค์พระทรงศร ( แสงอาทิตย์ ) เชื่อว่าเป็นมงคล คำว่า " ขวาง " ก็ให้ความหมายในทาง " ขัดขวาง " ฟังแล้วก็ไม่เป็นมงคล ในด้านมงคลสูตรได้กำหนด แม้แต่การเลือกไม้หรือวัสดุมาใช้ อย่างเช่น ไม้กอมาสร้างเป็นเสาบ้านความหมายก็คือ จะแตกเป็นกอกอออกลูกหลานก่อนให้เกิดสิ่งดีๆ สู่บ้านจะใช้ " ไม้นาคบุก " ทำเป็นบันได ด้วยความเชื่อถือเกี่ยวกับ " บันไดนาค " มีเสียงคำว่านาคที่พ้องกัน และใช้ไม้กลิ่นหอมชื่นใจ เปรียบเสมือนการต้อนรับเข้าสู่ตัวบ้านด้วยความชุ่มชื่นใจ สำหรับกระเบื้องดินเผาไม่ว่าจะเป็นอิฐเผา หรือกระเบื้อง หากนำมาสร้างกุฏิแล้วช่างจะกำหนดให้คุณภาพดีเลิศ ทีมาใช้ในเกาะยอ คือว่ามีชื่อเสียงเป็นพื้นที่ให้ความนิยมกันมาก จนมีคำกล่าวยืนยันว่า " ทิ้งทำหม้อ เกาะยอทำอ่าง หัวเขาดักโพงพาง บ่อยางทำเคย บ่อเตยทำได้ " เมื่อครั้งรัชกาลที่ ๕ มีการบูรณะพระวิหารพระธาตุไชยา กำหนดให้ใช้กระเบื้องเกาะยอ จังหวัดสงขลา ทั้งหมดนี้ล้วนแต่กำหนดเป็นมงคลสูตร คือ " สูตรแห่งการเกิดมงคล " ในการสร้างอาคารบ้านเรือนเพื่อความเป็นสิริมงคลแก่ผู้อยู่อาศัย
และเป็นวัดที่เก่าแก่อายุกว่า ๒๐๐ ปี โบราณสถานที่สำคัญภายในวัดประกอบด้วย เจดีย์บนเขาพิหาร อุโบสถ หมู่กุฏิไม้ กุฏิแบบเรือนไทย สระน้ำโบราณ และหอระฆัง นอกจากนี้ด้านหลังเป็นที่ประดิษฐ์สถานของเจดีย์ทรงลังกาที่งดงามของเขาเพหาร สันนิฐานว่าสร้างในสมัยรัชกาลที่ ๔ บนยอดเขาพิหารแห่งนี้สันนิฐานว่าเดิมคงเป็นที่ตั้งของอุโบสถหลังเก่า ซึ่งต่อมาในราวกลางพุทธศตวรรษที่ ๒๕ ได้ย้ายอุโบสถมาสร้างที่เชิงเขาด้านล่าง (หลังที่เห็นอยู่ในปัจจุบัน) และได้สร้างเจดีย์ครอบ " หลวงพ่อดำ " ซึ่งเป็นพระประธานของอุโบสถเดิมเอาไว้ เจดีย์นี้มีลักษณะเป็นเจดีย์ทรงระฆัง ก่ออิฐถือปูนมีลวดลายปูนปั้นประดับ อันเป็นฝีมือช่างท้องถิ่นภาคใต้ และมีทางเข้าสู่คูหาที่ประดิษฐานพระพุทธรูปทางด้านทิศตะวันออก
กรมศิลปกรได้ประกาศขึ้นทะเบียนเจดีย์บนยอดเขาพิหาร เป็นโบราณสถานของชาติเมื่อ ๑๕ กันยายน ๒๕๔๐ และได้บูรณะซ่อมแซมเจดีย์ พร้อมทั้งปรับปรุงภูมิทัศน์รอบองค์เจดีย์ในปี พ.ศ. ๒๕๔๔ - ๒๕๔๕